Markerii moleculari din regiunea transcrisă/exprimată a genomului la plantele superioare

În ultimii ani, tehnologia markerilor moleculari la plantele superioare a cunoscut o trecere de la așa-numiții markeri ADN aleatori (RDM), dezvoltați în trecut în mod arbitrar din ADN genomic și ADNc, la markeri moleculari care reprezintă transcriptomul și alte secvențe codificatoare. Acești markeri au fost descriși drept markeri cu țintă genetică (GTM). O altă clasă specifică de markeri include așa-numiții markeri funcționali (FMs), care se presupune că au o relație de cauză și efect cu trăsăturile de interes. În această trecere în revistă, descriem mai întâi dezvoltarea acestor markeri care reprezintă transcriptomul sau genele în sine; apoi discutăm în detaliu utilizările acestor markeri și, în cele din urmă, adăugăm o notă cu privire la direcțiile viitoare de cercetare și la implicațiile aplicării pe scară mai largă a acestor markeri în programele de ameliorare a culturilor. Cu ajutorul unor exemple adecvate, descriem markeri din diferite clase derivate din clone de ADNc, etichete de secvențe exprimate (EST), secvențe de gene și secvențe unice (codificatoare) obținute prin filtrare metilică sau prin normalizarea genomului (fracție mare de C(0) t) din bibliotecile de ADNg. Deși am descris pe scurt RFLP-urile, SSR-urile, AFLP-urile și SNP-urile dezvoltate din transcriptom (clone ADNc și baze de date EST), am discutat mai detaliat unii dintre noii markeri dezvoltați din transcriptom și gene specifice. Acești markeri noi includ polimorfisme de etichetare a secvenței exprimate (ESTP), markeri COS (conserved orthologue set), markeri genetici consensuali amplificați (ACGM), markeri specifici de gene (GST), analogi ai genelor de rezistență (RGA) și polimorfismul de amplificare a exon-retrotranspozonilor (ERAP). Utilizările acestor markeri au fost discutate în detaliu la următoarele rubrici: dezvoltarea hărților de transcripție și funcționale, estimarea diversității genetice, selecția asistată de markeri (MAS), abordarea genei candidate (CG) și clonarea bazată pe hartă, genomica genetică și identificarea eQTL-urilor, studiul organizării genomului și studiile taxonomice și filogenetice. La sfârșit, anexăm, de asemenea, o listă de site-uri web relevante pentru studiile ulterioare privind transcriptomul. Din lipsă de spațiu, informații considerabile, inclusiv date voluminoase sub forma a 12 tabele și o listă lungă de referințe citate în aceste tabele, au fost plasate pe internet ca material electronic suplimentar (ESM), pe care cititorii le pot găsi utile.

Lasă un comentariu