Marcadores moleculares da região transcrita/expressa do genoma em plantas superiores

Nos últimos anos, a tecnologia de marcadores moleculares em plantas superiores testemunhou uma mudança dos chamados marcadores de DNA aleatórios (RDMs), desenvolvidos no passado arbitrariamente do DNA genômico e cDNA, para os marcadores moleculares que representam a transcriptoma e as outras seqüências de codificação. Estes marcadores têm sido descritos como marcadores de alvo genético (GTMs). Outra classe específica de marcadores inclui os chamados marcadores funcionais (FMs), que supostamente têm uma relação de causa e efeito com os traços de interesse. Nesta revisão, primeiro descrevemos o desenvolvimento destes marcadores que representam o transcriptoma ou genes per se; depois discutimos os usos destes marcadores com algum detalhe e finalmente adicionamos uma nota sobre os rumos futuros da pesquisa e as implicações da aplicação mais ampla destes marcadores em programas de melhoramento de culturas. Utilizando exemplos adequados, descrevemos marcadores de diferentes classes derivadas de clones de cDNA, marcas de sequência expressas (ESTs), sequências de genes e as sequências únicas (codificação) obtidas através de filtração metílica ou normalização do genoma (fracção C(0) t elevada) das bibliotecas de gDNA. Enquanto descrevemos brevemente RFLPs, SSRs, AFLPs e SNPs desenvolvidos a partir do transcriptoma (clones de cDNA e bases de dados EST), discutimos com mais detalhes alguns dos novos marcadores desenvolvidos a partir do transcriptoma e genes específicos. Estes novos marcadores incluem os polimorfismos de sequência expressa do tag (ESTPs), os marcadores do conjunto ortográfico conservado (COS), os marcadores genéticos de consenso amplificado (ACGMs), os tags genéticos específicos (GSTs), os análogos de genes de resistência (RGAs) e o polimorfismo de amplificação exon-retrotransposão (ERAP). O uso desses marcadores tem sido discutido com algum detalhe sob os seguintes títulos: desenvolvimento de transcrições e mapas funcionais, estimativas da diversidade genética, seleção assistida por marcadores (MAS), abordagem de genes candidatos (CG) e clonagem baseada em mapas, genômica genética e identificação de eQTLs, estudo da organização do genoma e estudos taxonômicos e filogenéticos. No final, também anexamos uma lista de sites relevantes para estudos adicionais sobre o transcriptoma. Por falta de espaço, foram colocadas na Internet, como material eletrônico suplementar (ESM), informações consideráveis incluindo dados volumosos na forma de 12 tabelas, e uma longa lista de referências citadas nessas tabelas, que os leitores podem achar útil.

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