Moleculaire merkers uit de transcribeerde/geëxpresseerde regio van het genoom in hogere planten

De laatste jaren heeft zich in de technologie voor moleculaire merkers in hogere planten een verschuiving voorgedaan van de zogenaamde willekeurige DNA-merkers (RDM’s), die in het verleden willekeurig uit genomisch DNA en cDNA zijn ontwikkeld, naar de moleculaire merkers die het transcriptoom en de andere coderende sequenties vertegenwoordigen. Deze merkers zijn omschreven als gengerichte merkers (GTM’s). Een andere specifieke klasse van merkers omvat de zogenaamde functionele merkers (FM’s), waarvan wordt verondersteld dat zij een oorzaak-gevolgrelatie hebben met de eigenschappen van belang. In dit overzicht beschrijven wij eerst de ontwikkeling van deze merkers die het transcriptoom of de genen op zich vertegenwoordigen; vervolgens bespreken wij de toepassingen van deze merkers in enig detail en tenslotte voegen wij een noot toe over de toekomstige richtingen van onderzoek en de implicaties van de ruimere toepassing van deze merkers in programma’s voor gewasverbetering. Aan de hand van geschikte voorbeelden beschrijven we markers van verschillende klassen die zijn afgeleid van cDNA-klonen, expressed sequence tags (EST’s), gensequenties en de unieke (coderende) sequenties die via methylfiltratie of genoomnormalisatie (hoge C(0)-fractie) uit gDNA-bibliotheken zijn verkregen. Terwijl wij in het kort RFLP’s, SSR’s, AFLP’s en SNP’s beschrijven die zijn ontwikkeld op basis van het transcriptoom (cDNA-klonen en EST-databanken), zijn wij meer in detail ingegaan op enkele van de nieuwe markers die zijn ontwikkeld op basis van het transcriptoom en specifieke genen. Deze nieuwe merkers omvatten express sequence tag polymorfismen (ESTPs), geconserveerde orthologe set (COS) merkers, amplified consensus genetic markers (ACGMs), gen-specifieke merkers (GSTs), resistentie-gen-analogen (RGAs) en exon-retrotransposon amplificatiepolymorfisme (ERAP). Het gebruik van deze merkers is uitvoerig besproken onder de volgende rubrieken: ontwikkeling van transcript- en functionele kaarten, schatting van genetische diversiteit, merker-geassisteerde selectie (MAS), kandidaat-gen (CG) benadering en kaart-gebaseerde klonering, genetische genomica en identificatie van eQTL’s, studie van genoom-organisatie en taxonomische en fylogenetische studies. Aan het eind is ook een lijst van websites opgenomen die relevant zijn voor verdere studies van het transcriptoom. Wegens plaatsgebrek is aanzienlijke informatie, waaronder omvangrijke gegevens in de vorm van 12 tabellen, en een lange lijst van referenties die in deze tabellen worden geciteerd, op het internet geplaatst als elektronisch aanvullend materiaal (ESM), dat de lezers wellicht nuttig zullen vinden.

Plaats een reactie