Marcatori molecolari dalla regione trascritta/espressa del genoma nelle piante superiori

Negli ultimi anni, la tecnologia dei marcatori molecolari nelle piante superiori ha visto un passaggio dai cosiddetti marcatori casuali del DNA (RDM), sviluppati in passato arbitrariamente dal DNA genomico e dal CDNA, ai marcatori molecolari che rappresentano il trascrittoma e le altre sequenze codificanti. Questi marcatori sono stati descritti come marcatori mirati ai geni (GTM). Un’altra classe specifica di marcatori comprende i cosiddetti marcatori funzionali (FM), che si suppone abbiano una relazione di causa ed effetto con i tratti di interesse. In questa rassegna, descriviamo prima lo sviluppo di questi marcatori che rappresentano il trascrittoma o i geni di per sé; poi discutiamo gli usi di questi marcatori in qualche dettaglio e infine aggiungiamo una nota sulle direzioni future della ricerca e le implicazioni di una più ampia applicazione di questi marcatori nei programmi di miglioramento delle colture. Utilizzando esempi appropriati, descriviamo marcatori di diverse classi derivati da cloni di cDNA, tag di sequenze espresse (EST), sequenze geniche e le sequenze uniche (codificanti) ottenute attraverso la filtrazione metilica o la normalizzazione del genoma (alta frazione di C(0) t) da librerie di gDNA. Mentre descriviamo brevemente RFLPs, SSRs, AFLPs e SNPs sviluppati dal trascrittoma (cloni cDNA e database EST), abbiamo discusso più in dettaglio alcuni dei nuovi marcatori sviluppati dal trascrittoma e da geni specifici. Questi nuovi marcatori includono polimorfismi di tag di sequenza espressi (ESTPs), marcatori COS (conserved orthologue set), marcatori genetici di consenso amplificati (ACGMs), tag specifici del gene (GSTs), analoghi del gene della resistenza (RGAs) e polimorfismo di amplificazione dell’esone-retrotransposone (ERAP). Gli usi di questi marcatori sono stati discussi in dettaglio sotto i seguenti titoli: sviluppo di mappe di trascrizione e funzionali, stime della diversità genetica, selezione assistita da marcatori (MAS), approccio del gene candidato (CG) e clonazione basata sulla mappa, genomica genetica e identificazione di eQTL, studio dell’organizzazione del genoma e studi tassonomici e filogenetici. Alla fine, appendiamo anche una lista di siti web rilevanti per ulteriori studi sul trascrittoma. Per mancanza di spazio, una quantità considerevole di informazioni, compresi i voluminosi dati sotto forma di 12 tabelle, e un lungo elenco di riferimenti citati in queste tabelle, sono stati messi su Internet come materiale supplementare elettronico (ESM), che i lettori possono trovare utile.

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