Molekuláris markerek a genom átírt/exprimált régiójából magasabb növényekben

Az elmúlt években a molekuláris markertechnológia a magasabb növényekben a genomi DNS-ből és a cDNS-ből önkényesen kifejlesztett úgynevezett véletlenszerű DNS-markerek (RDM) helyett a transzkriptomot és az egyéb kódoló szekvenciákat reprezentáló molekuláris markerek felé fordult. Ezeket a markereket géncélú markereknek (GTM) nevezték el. A markerek egy másik speciális osztályába tartoznak az úgynevezett funkcionális markerek (FM-ek), amelyek feltételezhetően ok-okozati kapcsolatban állnak az érdeklődésre számot tartó tulajdonságokkal. Ebben az áttekintésben először a transzkriptomot vagy a géneket önmagukban reprezentáló markerek fejlődését írjuk le; majd részletesen tárgyaljuk e markerek felhasználását, végül pedig megjegyzést teszünk a kutatás jövőbeli irányairól és az ilyen markerek szélesebb körű alkalmazásának következményeiről a növénytermesztési programokban. Megfelelő példákon keresztül ismertetjük a különböző osztályokba tartozó markereket, amelyek cDNS-klónokból, expresszált szekvenciacímkékből (EST), génszekvenciákból és a gDNS-könyvtárakból metilszűréssel vagy genomnormalizálással (magas C(0) t-frakció) nyert egyedi (kódoló) szekvenciákból származnak. Míg a transzkriptomból (cDNS-klónokból és EST-adatbázisokból) kifejlesztett RFLP-ket, SSR-ket, AFLP-ket és SNP-ket röviden ismertetjük, addig a transzkriptomból és specifikus génekből kifejlesztett néhány új markert részletesebben tárgyaltunk. Ezek az új markerek közé tartoznak az expresszált szekvenciacímke-polimorfizmusok (ESTP), a konzervált ortológkészlet (COS) markerek, az amplifikált konszenzusos genetikai markerek (ACGM), a génspecifikus címkék (GST), a rezisztencia génanalógok (RGA) és az exon-retrotransposon amplifikációs polimorfizmus (ERAP). E markerek felhasználását a következő címszavak alatt részletesen tárgyaltuk: transzkripciós és funkcionális térképek fejlesztése, a genetikai diverzitás becslése, markerekkel segített szelekció (MAS), génjelölt-alapú megközelítés és térképalapú klónozás, genetikai genomika és eQTL-ek azonosítása, a genomszerveződés vizsgálata, valamint taxonómiai és filogenetikai vizsgálatok. A végén a transzkriptom további vizsgálatai szempontjából fontos weboldalak listáját is mellékeljük. Helyhiány miatt jelentős információkat, köztük terjedelmes adatokat 12 táblázat formájában, valamint az ezekben a táblázatokban hivatkozott hivatkozások hosszú listáját elektronikus kiegészítő anyagként (ESM) tettük fel az internetre, amelyet az olvasók hasznosnak találhatnak.

Szólj hozzá!