Marqueurs moléculaires de la région transcrite/exprimée du génome chez les plantes supérieures

Ces dernières années, la technologie des marqueurs moléculaires chez les plantes supérieures a connu une évolution des marqueurs ADN dits aléatoires (MDA), développés dans le passé arbitrairement à partir de l’ADN génomique et de l’ADNc, vers les marqueurs moléculaires représentant le transcriptome et les autres séquences codantes. Ces marqueurs ont été décrits comme des marqueurs ciblés sur les gènes (GTM). Une autre classe spécifique de marqueurs comprend les marqueurs dits fonctionnels (FMs), qui sont supposés avoir une relation de cause à effet avec les traits d’intérêt. Dans cette revue, nous décrivons tout d’abord le développement de ces marqueurs représentant le transcriptome ou les gènes en tant que tels ; nous discutons ensuite des utilisations de ces marqueurs de manière assez détaillée et ajoutons enfin une note sur les futures directions de recherche et les implications d’une application plus large de ces marqueurs dans les programmes d’amélioration des cultures. À l’aide d’exemples appropriés, nous décrivons des marqueurs de différentes classes dérivés de clones d’ADNc, d’étiquettes de séquence exprimée (EST), de séquences de gènes et de séquences uniques (codantes) obtenues par méthylfiltration ou normalisation du génome (fraction C(0) t élevée) à partir de bibliothèques d’ADNg. Alors que nous décrivons brièvement les RFLP, SSR, AFLP et SNP développés à partir du transcriptome (clones d’ADNc et bases de données EST), nous avons discuté plus en détail de certains des nouveaux marqueurs développés à partir du transcriptome et de gènes spécifiques. Ces nouveaux marqueurs comprennent les polymorphismes d’étiquette de séquence exprimée (ESTP), les marqueurs d’ensemble d’orthologues conservés (COS), les marqueurs génétiques consensus amplifiés (ACGM), les étiquettes spécifiques de gènes (GST), les analogues de gènes de résistance (RGA) et le polymorphisme d’amplification d’exon-retrotransposon (ERAP). Les utilisations de ces marqueurs ont été discutées en détail sous les rubriques suivantes : développement de cartes transcriptionnelles et fonctionnelles, estimations de la diversité génétique, sélection assistée par marqueurs (MAS), approche du gène candidat (CG) et clonage sur carte, génomique génétique et identification des eQTL, étude de l’organisation du génome et études taxonomiques et phylogénétiques. À la fin, nous joignons également une liste de sites web pertinents pour des études ultérieures sur le transcriptome. Par manque de place, de nombreuses informations, y compris des données volumineuses sous la forme de 12 tableaux, et une longue liste de références citées dans ces tableaux, ont été placées sur Internet en tant que matériel supplémentaire électronique (MSE), que les lecteurs pourront trouver utiles.

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