Molekyylimarkkerit genomin transkriptoituneelta/ekspressoituneelta alueelta korkeammissa kasveissa

Korkeampien kasvien molekyylimarkkeriteknologiassa on viime vuosina siirrytty niin sanotuista satunnaisista DNA-markkereista (random DNA markers (RDMs)), jotka on kehitetty aiemmin mielivaltaisesti genomin DNA:n ja cDNA:n varassa olevasta DNA:n alueesta transkriptioita edustaviin molekyylimarkkereihin, sekä muihin koodaaviin jaksoihin. Näitä markkereita on kutsuttu geeniin kohdistuviksi markkereiksi (GTM). Toinen erityinen markkerien luokka ovat niin sanotut funktionaaliset markkerit (FM), joilla oletetaan olevan syy-seuraussuhde kiinnostuksen kohteena oleviin ominaisuuksiin. Tässä katsauksessa kuvataan ensin näiden transkriptomia tai geenejä sinänsä edustavien markkereiden kehitystä; sen jälkeen käsitellään yksityiskohtaisesti näiden markkereiden käyttöä ja lopuksi esitetään huomautus tulevista tutkimussuunnista ja vaikutuksista, joita näiden markkereiden laajemmalla soveltamisella viljelykasvien parantamisohjelmissa on. Käyttämällä sopivia esimerkkejä kuvaamme eri luokkiin kuuluvia markkereita, jotka on johdettu cDNA-klooneista, ilmentyneistä sekvenssitunnisteista (EST), geenisekvensseistä ja ainutlaatuisista (koodaavista) sekvensseistä, jotka on saatu gDNA-kirjastoista metyylisuodatuksen tai genomin normalisoinnin avulla (korkea C(0)t-fraktio). Kuvaamme lyhyesti RFLP:t, SSR:t, AFLP:t ja SNP:t, jotka on kehitetty transkriptomista (cDNA-kloonit ja EST-tietokannat), mutta olemme käsitelleet yksityiskohtaisemmin joitakin transkriptomista ja tietyistä geeneistä kehitettyjä uusia markkereita. Näihin uusiin markkereihin kuuluvat ilmaistujen sekvenssitunnisteiden polymorfismit (ESTP), konservoitujen ortologien joukon (COS) markkerit, amplifioidut konsensusgeneettiset markkerit (ACGM), geenispesifiset tunnisteet (GST), resistenssigeenin analogit (RGA) ja eksoni-retrotransposonien amplifiointipolyymorfismi (ERAP). Näiden merkkiaineiden käyttöä on käsitelty yksityiskohtaisesti seuraavien otsikoiden alla: transkriptio- ja funktionaalisten karttojen kehittäminen, geneettisen monimuotoisuuden arviointi, merkkiaineavusteinen valinta (MAS), ehdokasgeenien (CG) lähestymistapa ja karttapohjainen kloonaus, geneettinen genomiikka ja eQTL:ien tunnistaminen, genomin järjestäytymisen tutkiminen sekä taksonomiset ja fylogeneettiset tutkimukset. Lopussa on myös luettelo verkkosivuista, joilla on merkitystä transkriptomin jatkotutkimusten kannalta. Tilan puutteen vuoksi huomattava määrä tietoa, mukaan luettuna runsaasti tietoja 12 taulukon muodossa, ja pitkä luettelo taulukoissa mainituista viitteistä on sijoitettu Internetiin sähköisenä lisäaineistona (ESM), jota lukijat voivat pitää hyödyllisenä.

Jätä kommentti