Marcadores moleculares a partir de la región transcrita/expresada del genoma en plantas superiores

En los últimos años, la tecnología de marcadores moleculares en plantas superiores ha sido testigo de un cambio de los llamados marcadores de ADN al azar (RDMs), desarrollados en el pasado de forma arbitraria a partir de ADN genómico y ADNc, a los marcadores moleculares que representan el transcriptoma y las otras secuencias codificantes. Estos marcadores se han descrito como marcadores dirigidos a genes (GTM). Otra clase específica de marcadores son los llamados marcadores funcionales (FM), que se supone que tienen una relación de causa y efecto con los rasgos de interés. En esta revisión, describimos en primer lugar el desarrollo de estos marcadores que representan el transcriptoma o los genes per se; a continuación, discutimos con cierto detalle los usos de estos marcadores y, por último, añadimos una nota sobre las direcciones futuras de la investigación y las implicaciones de la aplicación más amplia de estos marcadores en los programas de mejora de cultivos. Utilizando ejemplos adecuados, describimos marcadores de diferentes clases derivados de clones de ADNc, etiquetas de secuencias expresadas (EST), secuencias de genes y las secuencias únicas (codificantes) obtenidas mediante filtración de metilo o normalización del genoma (alta fracción C(0) t) de bibliotecas de ADNg. Si bien describimos brevemente los RFLP, SSR, AFLP y SNP desarrollados a partir del transcriptoma (clones de ADNc y bases de datos de EST), hemos discutido con más detalle algunos de los nuevos marcadores desarrollados a partir del transcriptoma y de genes específicos. Estos nuevos marcadores incluyen los polimorfismos de la etiqueta de la secuencia expresada (ESTP), los marcadores del conjunto de ortólogos conservados (COS), los marcadores genéticos de consenso amplificados (ACGM), las etiquetas específicas de los genes (GST), los análogos del gen de la resistencia (RGA) y el polimorfismo de amplificación del exón-retrotransposón (ERAP). Los usos de estos marcadores se han analizado con cierto detalle en los siguientes apartados: desarrollo de mapas de transcripción y funcionales, estimación de la diversidad genética, selección asistida por marcadores (MAS), enfoque de genes candidatos (CG) y clonación basada en mapas, genómica genética e identificación de eQTLs, estudio de la organización del genoma y estudios taxonómicos y filogenéticos. Al final, también adjuntamos una lista de sitios web relevantes para los estudios posteriores sobre el transcriptoma. Por falta de espacio, se ha colocado en Internet como material suplementario electrónico (ESM) una información considerable que incluye datos voluminosos en forma de 12 tablas, y una larga lista de referencias citadas en estas tablas, que los lectores pueden encontrar útiles.

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