Molekulární markery z transkribované/exprimované oblasti genomu u vyšších rostlin

V posledních letech došlo v technologii molekulárních markerů u vyšších rostlin k posunu od tzv. náhodných DNA markerů (RDM), vyvinutých v minulosti libovolně z genomové DNA a cDNA, k molekulárním markerům reprezentujícím transkriptom a další kódující sekvence. Tyto markery byly popsány jako genově cílené markery (GTM). Do další specifické třídy markerů patří tzv. funkční markery (FMs), u nichž se předpokládá příčinný vztah k zájmovým znakům. V tomto přehledu nejprve popíšeme vývoj těchto markerů reprezentujících transkriptom nebo geny jako takové; poté se budeme poměrně podrobně zabývat využitím těchto markerů a nakonec přidáme poznámku o budoucích směrech výzkumu a důsledcích širšího využití těchto markerů v programech zlepšování plodin. Na vhodných příkladech popisujeme markery různých tříd odvozené z klonů cDNA, značek exprimovaných sekvencí (EST), genových sekvencí a jedinečných (kódujících) sekvencí získaných methylovou filtrací nebo normalizací genomu (vysoká frakce C(0) t) z knihoven gDNA. Zatímco jsme stručně popsali RFLP, SSR, AFLP a SNP vyvinuté z transkriptomu (klony cDNA a databáze EST), podrobněji jsme probrali některé nové markery vyvinuté z transkriptomu a specifických genů. Mezi tyto nové markery patří polymorfismy značek exprimovaných sekvencí (ESTP), markery konzervovaného souboru ortologů (COS), amplifikované konsenzuální genetické markery (ACGM), specifické značky genů (GST), analogy genů rezistence (RGA) a polymorfismus amplifikace exonů a retranspozonů (ERAP). Využití těchto markerů bylo podrobně rozebráno v následujících kapitolách: vývoj transkripčních a funkčních map, odhady genetické diverzity, selekce pomocí markerů (MAS), přístup kandidátních genů (CG) a klonování na základě map, genetická genomika a identifikace eQTL, studium organizace genomu a taxonomické a fylogenetické studie. Na závěr připojujeme také seznam webových stránek důležitých pro další studium transkriptomu. Z nedostatku místa byly značné informace včetně objemných údajů ve formě 12 tabulek a dlouhý seznam odkazů citovaných v těchto tabulkách umístěny na internet jako elektronický doplňkový materiál (ESM), který může být pro čtenáře užitečný.

Napsat komentář